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  化学基因组学是北京大学深圳研究生院重点支持的学科,实验室也列为深圳市资助建设的国家级重点实验室。筹建于2003年6月,该实验室依托北京大学在生物、化学领域的学科优势,以及充分利用毗邻香港的地缘优势,由生物,化学领域的专家组成极富竞争力的交叉学科研究团队。该实验室着眼于我国乃至于国际化学合成药物开发与创新,结合深圳市的产业发展优势,通过开展交叉学科和相关技术 领域的前沿研究,提高深圳市乃至我国在新药开发方面的国际竞争力,为推动深圳经济发展,优化产业结构做出贡献。
目前已经建成实验室面积超过2000平方米(计划面积4000平方米),拥有核磁共振、气质联用、高效液相色谱、PCR仪、超速离心机等先进的科研设备。已有教职员工24人、博士后8人、硕(博)士研究生54人。 
实验室包括生物学,有机合成化学,计算化学三大部分,主要研究领域包括:活性天然化合物的全合成及有机合成方法的研究;细胞周期调控机制的研究;肿瘤干细胞研究;病毒学;结构生物学,转基因斑马鱼平台的研究;药物-靶标相互作用和构效关系;分子药物设计;有机反应机理,酶催化机理研究,生物大分子结构与性质的理论研究。并密切关注化学基因组学、蛋白组学、系统生物学和胚胎干细胞等生命科学前沿领域最新进展,迅速应用它们的最新成果,提升药物研究的源头创新能力。与此同时,通过上述各个学科领域的交叉与整合研究,重点研究治疗严重危害我国人民健康的恶性肿瘤及传染性疾病(HIV和HCV)。
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